為規範發展公益事業，阿裏巴巴集團及旗下子公司聯合成立的“阿裏巴巴公益基金會”已於2011年通過國家民政部批準審核批準，馬雲成為該基金會第一號誌願者。2010年5月，阿裏巴巴集團宣布從2010年起將集團年收入的0.3%撥作公益基金，主要用於環境保護，是國內互聯網企業首家環境保護基金。阿裏巴巴公益基金會的宗旨是：營造公益氛圍，發展公益事業，促進人與社會、人與自然的可持續發展。資助重點包括：水環境保護，環境保護宣傳，以及支持環保類公益組織的發展。與其他非公募基金會不同的是，阿裏巴巴公益基金會主要以環境保護作為公益方向，將企業平台模式及資源融入到公益領域，讓公益項目得以保持持續、健康發展，通過電子商務生態體係幫助了全球中小企業和創業者得到生存和發展，不僅授之於魚更是授之於漁。以阿裏援建的青川公益項目為例，在重建過程中，阿裏巴巴集團通過幫助青川本地年輕人開設50多家網店，以銷售蜂蜜、木耳、香菇等農副產品發展生計，2011年僅線上銷售額便超過500萬元，幫助400多戶農民增收，促進災區經濟可持續發展。
