醫院始創於1948年，前身為中國紅十字會青浦分會醫院，1994年通過衛生部二級甲等醫院評審，2012年通過上海市三級綜合醫院評審，2021年創建成為複旦大學附屬醫院，是青浦區集醫療、教學、科研、預防於一體的三級乙等綜合性醫院。2002年，青浦區衛生局與複旦大學附屬中山醫院共建複旦大學附屬中山醫院青浦分院。在中山醫院支持下，醫院臨床服務能力不斷加強，學科設置齊全，共設有31個臨床科室，11個醫技科室。2012年醫院獲得國家藥物臨床試驗機構資質。有雲加端物聯網中心實驗室1個，市醫學重點專科建設7個（急診科、呼吸內科、血管外科、腎內科、臨床藥學、產科、骨科），複旦大學血管外科研究所——靜脈外科中心1個。醫院以“婦幼兒童中心，腎病透析中心，創傷急救中心，內鏡微創中心，胸痛中心，腦卒中中心”六大中心為學科發展重點，同時，加入複旦大學兒科醫聯體、婦產科醫聯體，為青浦及周邊地區的百姓提供市區醫院同質化的醫療服務。
