廈門市第三醫院的前身是同安醫院,始創於1920年12月,2003年12月正式更名為廈門市第三醫院,2006年9月26日,成為福建省中醫藥大學臨床教學醫院,2012年5月經省衛生廳、教育廳批準,成為福建省中醫藥大學第四臨床醫學院、福建中醫藥大學附屬廈門第三醫院,2019年7月6日,成為複旦大學附屬中山醫院廈門醫院醫療協作醫院,是島外一所集醫療、教學、科研、預防保健為一體的大型三級乙等綜合性醫院、國家級愛嬰醫院、“省級文明醫院”、福建醫科大學、福建中醫藥大學臨床教學醫院、福建省臨床住院醫師規範化培訓基地、於金明院士平台協助醫院。