南京審計大學是唯一以“審計”命名的全日製普通本科院校，為我國審計高等教育發源地之一，因審而立、為審而存、依審而興、靠審而強。學校構建了以審計為品牌、經管法工文理等學科相互支撐、協同發展的學科專業體係。2011年獲批為全國首批審計碩士專業學位授權單位，2013年獲批為碩士學位（學術學位）授權單位，2017年成為江蘇省新增博士學位授予單位立項建設高校。現有碩士學位授權一級學科7個（工商管理、理論經濟學、應用經濟學、法學、統計學、計算機科學與技術、公共管理）、碩士專業學位授權點8個（審計、會計、金融、工商管理、國際商務、法律、應用統計、電子信息）；擁有江蘇高校優勢學科2個（工商管理、應用經濟學）、江蘇省重點（培育）學科1個（理論經濟學）和江蘇省重點建設學科5個（公共管理、統計學、計算機科學與技術、數學、馬克思主義理論）；在第四輪全國學科評估中，工商管理一級學科評估結果為B；在江蘇省2020年首次開展的研究生教育工作綜合評價中獲評A等。
