內蒙古自治區巴彥淖爾市人民政府是一級國家行政機關，是巴彥淖爾市人民代表大會的執行機關，對巴彥淖爾市人民代表大會和
內蒙古自治區人民政府負責並報告工作，在巴彥淖爾市人民代表大會閉幕期間，向巴彥淖爾市人民代表大會常務委員會負責並報告工作。1956年，甘肅省所轄巴音浩特蒙古自治州和額濟納自治州劃回
內蒙古自治區，成立巴彥淖爾盟，盟政府駐巴彥浩特市。1958年，河套行政區、巴彥淖爾盟合並，成立新的巴彥淖爾盟。1984年12月，臨河縣改設為臨河市（縣級）。2003年12月1日，國務院批準撤消巴彥淖爾盟和縣級臨河市，設立巴彥淖爾市和臨河區。巴彥淖爾市人民政府駐臨河區，巴彥淖爾市轄杭錦後旗、烏拉特後旗、烏拉特中旗、烏拉特前旗、五原縣、磴口縣和臨河區。
